El Valle de los Cirios se encuentra al sur del estado de Baja California, dentro del municipio de Ensenada, a la mitad de la península de Baja California. Con 2,521.776 hectáreas de terreno y casi 600 kilómetros de costa, el Valle de los Cirios es una de las 63 áreas naturales protegidas más grandes del mundo, su valor para la conservación se define de acuerdo a la CONABIO en este orden:
1) Integridad ecológica funcional, ya que no existe alteración significativa en el ecosistema;
2) Alta presencia de endemismos, principalmente en plantas vasculares, mamíferos y reptiles;
3) Alta concentración de especies en riesgo, por mantener una gran cantidad de cactáceas, algunas especies emblemáticas de mamíferos y reptiles; y
4) mediana presión sobre especies clave, debida a la extinción local de poblaciones de berrendo y presión ligera por cacería de otros ungulados.
Pero además de todo, ésta gran área protegida presenta una peculiaridad importante: Es la única dentro de la lista que junto con la Reserva de la Biosfera del Vizcaíno tiene como frontera dos mares: el Océano Pacífico y el Mar de Cortés, por lo que los procesos biológicos están tan influenciados por el océano que la alta presencia de endemismos está casi por completo relacionada con este hecho ya que tan solo 80 kilómetros de tierra separan ambas costas. Esto la hace una excepción a la regla en cuanto a la prioridad para la conservación y por eso, esta área está dentro de la lista de regiones prioritarias terrestres de México entre otras 152.
El Valle de los Cirios es mayormente montañoso, teniendo una fisiografía muy diversa y accidentada, donde se encuentran abundantes sierras, valles, mesas, lagunas secas, cañadas y cauces de arroyos. El extenso litoral está conformado por una sucesión de acantilados y playas, los cuales forman puntas, bahías y ensenadas. Las microcuencas del área se agrupan en dos cuencas hidrográficas: las occidentales que drenan hacia el Océano Pacífico y las orientales que drenan hacia el Golfo de California.
Los sistemas montañosos más notables en el norte del Valle de los Sirios son las sierras de La Asamblea y Calamajué, ubicadas hacia la costa del Golfo de California. La Sierra de la Asamblea, con una altitud máxima de 1660 m, alberga en su parte superior a la población californiana más sureña del pino piñonero (Pinus monophylla), una población relicta. Cercanos a la costa del Golfo de California, rodeando a la Sierra de la Asamblea, se encuentran tres grandes valles: Calamajué, Laguna Seca y Agua Amarga.
El Valle de los Cirios es uno de los desiertos más biodiversos del mundo, en el que habitan cerca de 664 especies de plantas, 215 de aves, 53 de mamíferos terrestres y 53 de reptiles; así como miles de especies de invertebrados, muchos de ellos endémicos. Destaca la riqueza de cactáceas con 46 especies. Varias de las especies, tanto de flora como de fauna, están consideradas especies en peligro de extinción.
La integridad natural del Valle de los Cirios permite el libre flujo de numerosas especies de fauna silvestre, además constituye una escala indispensable para especies migratorias de aves, murciélagos y mariposas. También permite la movilidad regional de importantes mamíferos terrestres como el borrego cimarrón, el venado bura y el puma.
El Valle de los Cirios es un rico mosaico de diversos tipos de vegetación. Predominan las plantas del Desierto Sonorense, aunque también es significativa la presencia de vegetación de la Provincia Florística Californiana. Adicionalmente, existen porciones menores de vegetación halófila, vegetación riparia, oasis de palmas y vegetación de dunas y marismas.
Destacan entre las especies de flora el cirio (Fouquieria columnaris), el cardón (Pachycereus pringlei), el torote (Pachycormus discolor), la gobernadora (Larrea tridentata), varias especies de Ambrosia spp., Agave spp. y Yucca spp.
En el Valle de San Julián, existe una notoria abundancia de epífitas como el toji (Tillandsia recurvata) y líquenes foliosos (Ramalina menziesii).
Las planicies arenosas del Llano del Berrendo están dominadas por hierba reuma (Frankenia palmeri), palmilla (Yucca valida) y saladillo (Atriplex julacea).
Un grupo particularmente atractivo es el de las palmas, de las cuales encontramos tres especies en arroyos y oasis del área. La palma azul (Brahea armata) y la palma de abanico de Baja California (Washingtonia robusta), son endémicas de la península. Esta última se distribuye ampliamente en los oasis del sur de la Península y tiene en el Valle de los Cirios su límite de distribución norte. Adicionalmente, encontramos a la palma de abanico de California (Washingtonia filifera), cuya área de distribución inicia en California y tiene en el Valle de los Cirios su límite meridional.
Se ha indicado la presencia de al menos 23 especies de alacranes en la región del Valle de los Cirios, de las cuales 13 son endémicas y una endémica de la región de la Misión de San Borja Ádac: Vaejovis montcazieri. Se han descrito hasta ahora 65 especies de mariposa, de las cuales 9 son endémicas. Destacan los esfíngidos (''Sphingidae''), una familia de mariposas nocturnas muy notorias por el tamaño de su cuerpo, velocidad de vuelo y papel como polinizadores. Se han descrito al menos 80 especies de hormigas en el área natural protegida, con 23 endémicas de la Península de California.
La herpetofauna se compone de un total de 60 especies; siete anfibios y 53 reptiles; 38% son endémicas de la península de Baja California. Los únicos reptiles venenosos que podemos encontrar son las víboras de cascabel (5 especies), pues las lagartijas y el resto de las serpientes (14 especies) son inofensivas.
De las 22 especies de reptiles endémicas de la Península, cuatro están restringidas al estado de Baja California y una al Valle de los Cirios, siendo la lagartija Urosaurus lahtelai conocida solamente en las vecindades de Cataviñá, del Oasis Santa María y Las Arrastras. Es muy probable que las partes altas de las sierras La Asamblea y La Libertad contengan especies de reptiles que no han sido reportadas o que no han sido descritas.
El Valle de los Cirios forma parte del Corredor Migratorio del Pacífico y es usado por algunas aves migratorias neotropicales en su desplazamiento a sitios de hibernación y reproducción. Los oasis y algunos arroyos en el Valle de los Cirios son utilizados por las aves migratorias para descansar y recuperarse de las largas distancias. La avifauna se compone de 215 especies, 2 de ellas en peligro de extinción. Dentro de las aves más notorias tenemos al cuitlacoche ceniciento Toxostoma cinereum mearnsi, endémico de la Península, los zopilotes (Cathartes aura), los cuervos (Corvus corax) y algunas rapaces (el aguililla cola roja (Buteo jamaicensis) y el aguililla rojinegra (Parabuteo unicinctus) usan los cardones y algunos cirios con ramificaciones en penacho como sitios de perchas y de anidación. Las codornices californianas (Callipepla californica), matracas del desierto (Campylorhynchus brunneicapillus) y palomas ala blanca (Zenaida asiatica) se encuentran relacionadas al matorral desértico del área natural protegida. También se han reportado avistamientos del águila real (Aquila chrysaetos canadensis) en las partes más altas.
La mastofauna del Valle de los Cirios está compuesta por 55 especies. Sin embargo, llama la atención la cantidad de subespecies presentes en la zona (74 subespecies), lo cual sugiere que el Valle de los Cirios es un importante centro de especiación. Esto resulta más evidente en la familia de los geómidos (tuzas), ya que en la zona hay una especie (Thomomys bottae) con 7 subespecies. El grupo con mayor número de especies es el de los roedores con 20, seguido de los murciélagos con 17. El grupo de los insectívoros (musarañas) incluye sólo dos especies; este grupo, a pesar de encontrarse ampliamente distribuido, es raro debido a su tamaño poblacional pequeño y a sus hábitos fosoriales, lo que hace que sea muy difícil documentar su presencia. Entre los mamíferos más emblemáticos del Valle de los Cirios, tenemos:
Borrego cimarrón (Ovis canadensis): es una de las especies de mayor carisma en la región, siendo la especie 
emblemática del estado de Baja California y de la Universidad Autónoma de Baja California (UABC). Se considera que las sierras orientales de la parte central constituyen la región de traslape de las dos subespecies peninsulares del borrego cimarrón: Ovis canadensis cremnobates y Ovis canadensis weemsi.
Venado bura (Odocoileus hemionus): es el único cérvido que se distribuye en la península de Baja California. Dos subespecies: Odocoileus hemionus fuliginatus y Odocoileus hemionus peninsulae se distribuyen en el Valle de los Cirios. La primera tiene su distribución en la parte norte de la península y la segunda en la parte sur.
Puma (Puma concolor): cuenta con tres subespecies en la península, dos de ellas presentes en el Valle de los Cirios, Puma concolor browni y Puma concolor improcera. El puma habita principalmente en las zonas escabrosas y en las más altas.
Gato montés (Lynx rufus): tiene amplia distribución en el Valle de los Cirios, prefiriendo las zonas de vegetación más densa.
Berrendo peninsular (Antilocapra americana peninsularis) habitó principalmente en la región suroeste, hasta la década de 1960 en que fue extirpado del área posiblemente por la cacería. Se han reportado avistamientos recientes y hay una lucha ambiental mexicana por mantener viva esta subespecie del berrendo.
Otras especies de mamíferos que se pueden encontrar en el área son el zorrillo (Spilogale gracilis), el coyote (Canis latrans), la zorrita del desierto (Vulpes macrotis) la zorra gris (Urocyon cinereoargenteus peninsulares), el conejo matorralero (Sylvilagus audubonii) y dos subespecies de liebre cola negra (Lepus californicus): Lepus californicus martirensis y Lepus californicus deserticola.
