Inaugurado en abril de 1996, el museo luce en su exterior un color verde olivo con manchas ocre claro, con base roja, para lograr mimetizarlo con el monte que lo rodea, de esta forma no compite visualmente con la Zona Arqueológica.
En este inmueble se explica la forma como eran elaborados los objetos de uso cotidiano tanto domésticos, laborales como religiosos. Al mismo tiempo, en el Museo de Sitio de Xochicalco se exhibe una gran variedad de deidades prehispánicas específicamente las de Xochicalco, y también en este inmueble el visitante encontrará una recreación de una casa con sus objetos y la forma en que ellos estaban distribuidos en la casa.
En el Museo de Sitio de Xochicalco hay una colección formada por objetos arqueológicos provenientes de las excavaciones en la zona, tales como, la cerámica y la escultura. Se debe mencionar que estos objetos están distribuidos en cada sala del inmueble donde el visitante podrá conocer con detalle los aspectos territoriales de Xochicalco, su flora y fauna durante su época de ocupación, así como también, las relaciones comerciales con otras poblaciones.
Este inmueble es importante porque el visitante podrá conocer la forma en que Xochicalco estuvo organizado a través de objetos representativos de los diferentes estratos sociales, y se muestran los elementos arquitectónicos de la ciudad sobre todo aquellos que adornaban los edificios los cuales tenían un sentido de fertilidad el cual estuvo muy presente en la vida de los habitantes de la comunidad de Xochicalco.}
El museo se emplaza en un predio de 12.676 m2 sin servicios urbanos de drenaje, agua potable ni electricidad, por lo que el inmueble fue concebido como autosuficiente en sus servicios y climatización, considerándolo como el primer museo ecológico del mundo. Conduce y usa luz natural, cuenta con celdas fotovoltaicas para generar su propia energía eléctrica. Cuenta con cisternas subterráneas de 550.000 litros de capacidad que captan el agua pluvial y con un tratamiento de aguas residuales usadas para el riego de algunas áreas verdes.
Estacionamiento, sanitarios y visitas guiadas realizadas por el Departamento de Servicios Educativos con previa cita. También, en el Museo de Sitio de Xochicalco durante los meses de octubre a mayo todos los viernes y sábados de 19 a 21 horas se lleva a cabo un evento de apreciación nocturna de la zona arqueológica que incluye una visita guiada por el museo y tienen un costo de 191 pesos.