El lugar era habitado por pimas Altos, etimológicamente el nombre del municipio es "Cabota", que significa carita boca abajo.
La cabecera municipal fue formada en el año de 1688 como pueblo de la misión por el misionero jesuita Francisco Eusebio Kino en el punto llamado Caborca Viejo, y en 1790 se estableció en el lugar que actualmente ocupa, a la margen derecha del río Asunción. El lugar estaba habitado por los pimas altos.
La cabecera municipal fue fundada, como pueblo de misión en Diciembre de 1692 por el misionero jesuita Eusebio Francisco Kino en el punto llamado Caborca Viejo que actualmente se le conoce como Pueblo Viejo.
En 1790 se estableció en el lugar que actualmente ocupa, al margen derecho del Río Asunción. De los sucesos de gran relevancia destaca el 6 de abril de 1857, cuando Caborca fue escenario de la defensa del suelo nacional, ante la inversión norteamericana de los filibusteros, capitaneados por Henry A. Crabb, éstos fueron derrotados por los Pápagos ayudados por las comunidades vecinas A principios de la época independiente, era un pueblo cabecera de parroquia dependiente del partido de Guadalupe de Altar en su administración civil. Obtuvo la categoría de municipalidad a fines del siglo XIX, adscrito al Distrito de Altar.
El 6 de abril de 1857 la iglesia de Nuestra Señora de la Concepción de Caborca fue escenario de violentos combates cuando la gente del pueblo de Caborca fue sitiada en la vieja misión por una banda de filibusteros americanos, encabezados por Henry Crabb; los filibusteros fueron derrotados por los pápagos, apoyados por habitantes de municipios vecinos. El pápago Francisco Javier atacó con flechas incendiarias el depósito de dinamita de los filibusteros, destruyéndolo en el acto, mermando de esta manera las acciones de los invasores. El capitán Lorenzo Rodríguez comandaba las acciones de los nacionales triunfadores. En memoria de esta defensa en abril de 1948, Caborca cambió su denominación por el de "Heroica Caborca".
El municipio de Caborca cuenta con un clima seco semicálido extremosa BW (h') hw''(x')(e'), con una temperatura media máxima mensual de 31.9 en los meses de junio a septiembre, de 12.4° C en diciembre y enero, una temperatura media anual de 22.3° C. El período de lluvias se presenta en verano en los meses de julio y agosto contándose con una precipitación media anual de 164 milímetros; existen heladas ocasionales en febrero.
| Estado | Sonora |
| Cabecera | |
| Población | 69 hab. |
| Gentilicio | |
| Municipios de Sonora | |
| Superficie | 10 722 km2 |
| Información proporcionada por el Instituto Nacional para el Federalismo y el Desarrollo Municipal (INAFED) | |
