La zona arqueológica fue documentada por el biólogo Cyrus Longworth Lundell, el 29 de diciembre de 1931, mientras trabajaba en la Compañía Mexicana de Explotación, dedicada a la explotación del chicle. Es razonable suponer que Calakmul fue vista mucho antes de esta fecha, por los habitantes del área, que eran en su mayoría trabajadores chicleros.
Cyrus Longworth Lundell dio el nombre de Calakmul a este sitio, por la presencia de dos grandes montículos que dominaban el paisaje. En maya, Ca significa dos, Lak significa adyacente, y Mul significa un montículo o pirámide artificial, por lo que Calakmul significa "Ciudad de las dos Pirámides Adyacentes".
En épocas recientes, gracias a los avances en la epigrafía Maya, sabemos que el nombre ancestral del sitio fue Ox Te' Tuun (tres piedras o tres estelas). Otro nombre relacionado al sitio en sus inscripciones, tal vez relativo al área circundante es Chiik Naab'. Los señores de Calakmul se identificaban a si mismos con el título de k'uhul kaanal ajaw (divino señor del reino de la serpiente).
Todo parece indicar que - en su época de mayor esplendor - Calakmul era la sede de la más poderosa confederación de ciudades estado mayas conocida, denominada El Reino de Kaan.
Políticamente, los mayas nunca estuvieron unificados. Se organizaban, sobre todo durante el periodo clásico, en unos 60 reinos diferentes, cada uno con su propio gobernante. Esto dio lugar a tensiones entre los distintos poderes, generando grandes luchas, alianzas, conspiraciones, etc; esta situación de "guerra constante", explicaría que nunca hubiese una única cabeza organizadora de la complicada red de reinos que existían.
La cronología de Calakmul abarca un gran periodo de tiempo. Existe información de presencia humana, desde el período preclásico; más concretamente, del Preclásico Medio, hasta el periodo Postclásico Tardío, con ocupaciones ya marginales y esporádicas, una vez que el centro urbano había sido casi totalmente abandonado. Esto supone una ocupación continuada, de alrededor de 1500 años.
Durante el Preclásico Medio se establecieron los primeros habitantes de la urbe, y es durante este periodo cuando Calakmul empieza a hacerse presente en el panorama de los centros del sur, junto con otros como Nakbé, Uaxactún y El Mirador.
Calakmul sobrevivió al proceso de desaparición que sufrieron otros centros durante esta etapa y se perpetuó hasta que se convertirse en la ciudad-estado, de la que ya existe información que data del Clásico Tardío (alrededor del 500 d.C.), su momento de auge y esplendor junto al reino de Kaan.
Tikal (o como aparece referida en los glifos, Mutal) era el gran centro maya del sur, desde el periodo preclásico. Su importancia era indudable y su influencia, en otros territorios, notoria.
En el Preclásico Tardío, Calakmul ya empezaba a notarse en el panorama político de las tierras mayas del sur, pero no será hasta el Clásico Temprano, alrededor del 500 d. C, cuando comenzaron sus relaciones de poder con otras ciudades.
Durante los primeros años de este periodo, Nakbé, Uaxactún y El Mirador eran los principales centros mayas.
A pesar de que se han encontrado restos de construcciones que datan de principios del Preiodo Preclásico y algunas del Preclásico Medio, se cree que no fue hasta el Preclásico Tardío que Calakmul empezó a aumentar su relevancia en el territorio hasta ese momento dominado por Tikal. Todo este proceso de mejora provocó que Calakmul, como potencia independiente, fuera adquiriendo una relevancia que se salía del guion establecido hasta la fecha, lo que generó malestar en Tikal.
La expansión política que desarrolló Calakmul se basó en redes de influencia y alianzas con otros territorios, lo que generó que Calakmul se convirtiera en la capital del reino de la serpiente. Este desarrollo resultó en un conflicto armado protagonizado por Calakmul y Tikal que, a lo largo de 100 años, marcó la historia del mundo maya.
A principios de este periodo la importancia de Calakmul aumentó considerablemente. Sin embarho, no fue hasta finales del periodo Clásico, durante el llamado Clásico Tardío, cuando alcanzó su esplendor total.
Fue a mediados del siglo VI, con Tuun K'ab 'Hix a la cabeza del cuchcabal, cuando se produjo una alianza entre las distintas potencias con la finalidad de acabar con el poder establecido por Tikal. De esta manera, la influencia de Calakmul se expandió por todo el territorio y alcanzó tal poder que muchas potencias se subordinaron al ajaw del reino de Kaan, que se ubicaba en Calakmul.
Un gobernante debe ser destacado para este periodo del clásico temprano: Testigo del cielo o Testigo celeste, cuyo gobierno se establece entre 561-572. Inmerso en una política expansiva, este rey mostrará la cara más guerrera de Calakmul y favorecerá la puesta en marcha de un plan de ataque y conquista de Tikal.
Hasta este periodo, la realidad económica-política y social de la época, en las tierras del sur, estaba dominada por una única potencia que sobresalía sobre las demás, Tikal.
Tikal dominaba un amplio territorio, se había hecho dueño y señor de zonas de especial riqueza económica y controlaba territorios claves en el Usumacinta, lo que significaba dominar la ruta comercial más rica de la Península de Yucatán. Este control le permitía a Tikal establecer los precios para el transporte de los bienes, que se realizaba por este trayecto fluvial. La expansión de Tikal por el territorio, imponiendo su dominio, no tuvo una buena acogida en Calakmul, pues los intentos de la ciudad-estado por seguir aumentando su dominio territorial, estableciendo políticas cada vez más agresivas, dio lugar a la reacción del gobernante del reino de la cabeza de serpiente, Testigo del Cielo.
Testigo del Cielo contó con la gran política exterior que había desarrollado; es decir, las relaciones favorables con potencias cercanas a Tikal, táctica que tuvo una gran importancia en desenlace final de la guerra. Testigo del Cielo —antaño aliado de Tikal— sobornó al gobernante de Caracol, para que uniera al cuchcabal del Reino de la Cabeza de Serpiente y éste aceptó. Caracol era el aliado más importante con el que contaba Tikal y su traición le supuso una gran pérdida.
Así, en el año 562, un año después de la subida al poder de Testigo del Cielo, se produciría el primer gran enfrentamiento entre Calakmul y Tikal. En ese año se produjo el asalto, la toma y el saqueo de Tikal por parte de Kaan. La hegemonía de Tikal llegaba a su fin y se daba paso a la época dorada de Calakmul.
En el año 572 d.C., se registra la muerte de Testigo del Cielo. A finales del Clásico Temprano y sucediendo a Primer Lanzador de Hacha (572-579), un gobernante, que estuvo poco tiempo en el poder, podemos identificar a Uneh Chan (también conocido como Serpiente Enrollada) (579-611), quién sucedió, según los glifos, a Testigo del Cielo.
Uneh Chan recuperó la "tradición bélica" a gran escala, inaugurada con Testigo del Cielo y se embarcó en una serie de campañas militares, como las que realizó atacando a Palenque, en el 599 y 611. Se sabe que los ataques se realizaban durante los meses menos lluviosos, como abril, momento en el que el río Usumacinta era menos caudaloso, lo que favorecía el paso militar.
La mentalidad de "Superpotencia", de la que hablan algunos autores como Simon Martin, en Calakmul era una realidad. Aprovechando el desastre de Tikal, Calakmul reclamaba su poder y se hacía fuerte en todo el territorio, llegando a zonas tan alejadas como Palenque.
El siglo VII significa para Calakmul una fase de estabilización y de progresión. Por una parte, se fija el poder y el dominio del territorio que fue adquiriendo a lo largo de los periodos anteriores y, por otra, progresa, tanto política como económicamente, pero además se produce un significativo cambio en las construcciones y reordenación del espacio urbano, llevándose a cabo remodelaciones y ampliaciones, que permiten organizar la vida política-religiosa, remarcando la diferenciación social existente en la realidad maya.
En el siglo VII, parece que la capitalidad del reino de Kaan recaía en Calakmul. Era el centro de poder y desde donde se organizaba todo. Esta consolidación de Calakmul se debe, en cierta manera, al ascenso al poder de uno de los linajes más importantes del reino de la serpiente, los Yuknoom. Es con ellos que Calakmul entra en su periodo de auge.
Existen alrededor de 80 referencias, desde topónimos a glifos-emblemas, que aluden directamente al cuchcabal de la cabeza de serpiente y a este periodo. En el año 619 se produce la subida al poder de Yuknoom Chen.
En el año 630, accede al poder el conocido como Yuknoom Cabeza (630-636).
En el año 636, es nombrado como rey Yuknoom Ch'een II, más conocido como Yuknoom el Grande (636-686 d.C.). Por la gran cantidad de estelas encontradas para este monarca, los especialistas especulan con la posibilidad de que la mayoría de las construcciones palaciegas del complejo monumental fuesen mandadas construir por él. Durante este periodo de auge de Calakmul, la antigua rival, Tikal, se iba recuperando lentamente. La supuesta “dominación” a la que estaba sometida, junto con los conflictos entre otros reinos, permitió que se fuese fortaleciendo, sin levantar sospechas entre sus enemigos.
En estos momentos se produce un hecho fundamental, que marcará el desarrollo histórico de los reinos mayas del sur: la dinastía reinante de Tikal sufre una secesión, surgiendo dos facciones diferenciadas, encabezada por aquellos que se autodenominaban “señores divinos de Mutal”.
En el año 657 d.C. tuvo lugar una nueva guerra, con tres grandes protagonistas: Tikal, Calakmul y Dos Pilas. El reino de Kaan sale victorioso, desde los primeros enfrentamientos, provocando la huida de Tikal de la facción de Nuun Ujol Chaak. Nuun Ujol Chaak vuelve a Tikal, visiblemente recuperado. Este reforzamiento casi inmediato de Tikal dio lugar a que, en el año 672, Nuun Ujol Chaak invada el Petexbatún, llegando hasta Dos Pilas y expulsando a B´alaj Chan K´awiil. De nuevo Calakmul, como cabeza visible del reino de Kaan, acudirá a la llamada de uno de sus aliados. Una vez más, los enfrentamientos entre ambas potencias eclipsaron todo lo demás. El conflicto supuso una nueva derrota de Tikal y la reimposición, en el año 677, de B´alaj Chan K´awiil en Dos Pilas. La última derrota de Nuun Ujon Chaak fue total.
La segunda mitad del siglo VII, se caracteriza por ser un periodo de extrema belicosidad. Los enfrentamientos entre los distintos reinos se suceden a lo largo del tiempo, mostrando la existencia de una rivalidad patente y que se perpetúa durante este siglo.
El dominio territorial de Calakmul se expandía, estando presente en zonas tan alejadas como El Perú, donde Yuknoom el Grande supervisó el nombramiento del gobernante K´inich B´alam, comprometiéndole con una princesa de Calakmul: Ix Canal Ajaw. Los dominios de Yuknoom llegan hasta Cancuén, donde se impuso como protector del reino durante, al menos, tres generaciones, nombrando a dos de sus reyes, en los años 656 y 677. Tanto en las zonas altas, como bajas, del Usumacinta, Calakmul estaba presente.
Cuando muere Yuknoom el Grande, en el año 685, Calakmul se encontraba en la cima de su poder. Tanto militar, como políticamente, no tenía rival y dominaba un extenso territorio. Sin embargo, resalta la incapacidad de dominar totalmente a Tikal, su gran enemiga. Yuknoom el Grande sería el rey más importante y poderoso de su tiempo.
A finales del Clásico Tardío, en el año 686 d.C., Yuknoom el Grande será sucedido por Yuknoom Yich'aak K'ahk' (686-¿695? d.C.), conocido como Garra de Jaguar.
Tras la muerte de Yuknoom el Grande, es nombrado como regente Yich´ak K´ak´. Su alzamiento ha quedado registrado en dos sitios arqueológicos: El Perú y Dos Pilas, en ellos queda reflejado cómo Garra de Jaguar mantiene la lealtad de ambos sitios, de manos de K´inich Balam y Ba´laj Chan K´awiil.
En estos momentos, el potencial político de Calakmul era envidiable y, continuando con la política anterior, el cuchcabal de la cabeza de serpiente obtendrá a un nuevo protegido, Naranjo, dándole el trono a un niño de unos 5 años, K´ak´ Tiliw Chan, con el fin de reforzar lo que realmente era una dominación a través de una apariencia de protección, basada en una política dinástica, iniciada ya años atrás por Calakmul.
En el año 695 d.C., Yich´ ak K´ak´ se ve envuelto en una guerra contra Jasaw Chan K´awiil, el nuevo ajaw de Tikal. Según los restos epigráficos, 4 días antes de esta fecha Jasaw Chan K´awiil, el hijo de Nuun Ujol Chan había sido nombrado como rey de Tikal, aprovechando el desplazamiento de B´alaj a Calakmul, tomando el apoyo de las clases nobles y las gentes disconformes con la situación establecida. Todo este contexto generó uno de los conflictos más importantes entre Tikal y Calakmul. Este enfrentamiento fue uno de los más sangrientos, por lo menos es así como nos los describen los restos arqueológicos, a través de los cuales sabemos que, en esta ocasión, los capitanes de guerra de Kaan fueron derrotados, capturados y sacrificados. Calakmul había sido vencida, dando lugar a los consiguientes actos de humillación, siendo capturada una de sus deidades, Yajaw Maan. Todo ello está registrado en el dintel de madera del Templo I de Tikal, en el que Jasaw Chan K´awiil mandó grabar una inscripción, en la que se declara que capturó el escudo de pedernal de Yich´ak K´aak´, fechado para el 5 de agosto de 695 d.C.
La gran derrota de Calakmul dio lugar a la inminente caída del reino de Kaan. Toda la organización política, establecida desde antaño, desapareció. El contexto de debilidad en el que se encontraba Calakmul, el duro golpe infligido por Tikal hacía mella, ya no solo a nivel organizativo, sino también de prestigio y de capacidad militar. Esto fue aprovechado, tanto por sus rivales, como por aquellos reinos afiliados en los cuales estaban presentes ideas de secesión.
No se sabe con certeza qué ocurrió con Garra de Jaguar, pero como fuente de información existe un tablero de estuco del palacio real de Tikal, en el que se muestra a un cautivo de la batalla y, aunque el nombre del rey se muestra en una leyenda adjunta, no se puede afirmar que se esté representando en dicha imagen. Sea como fuere, la representación hace mención a una persona de importancia dentro de la corte de Calakmul, ya que la figura del rey de Tikal, agarrando la correa del cautivo, es reveladora y busca resaltar dicha condición. Garra de Jaguar muere alrededor del siglo VIII d.C., siendo sepultado, posiblemente, en la tumba 4, encontrada en el interior de la Estructura II de Calakmul.
Tras la derrota del 695 d.C. contra Tikal, la imagen de superpotencia de Calakmul se fue evaporando, al mismo tiempo que su enemiga iba recuperado el lustre de épocas pasadas.
Aun así, Calakmul realizó un último esfuerzo, intentando mantener sus relaciones con sus antiguos aliados, pero el contexto histórico no le era favorable y la crisis abierta por Tikal generó un conflicto político interno, una guerra civil entre los linajes de poder, que minaban sus intentos por reponerse. Viéndose en esta tesitura, la opción elegida por los nuevos gobernantes se orientó hacia la consecución de nuevos pactos y alianzas, con reinos situados más al norte. El mantenimiento de viejos y nuevos aliados fue una actividad crucial para el devenir de Calakmul; el tradicional trabajo diplomático que había desarrollado hasta estos momentos, se mantuvo y fue providencial para su continuidad.
A comienzos del siglo VIII d.C., es nombrado como rey Yuknoom Tok´ K´awiil (702-731 d.C.); dicho monarca será uno de los últimos gobernantes que aparezca representado en estelas de reinos foráneos, como en El Perú y Dos Pilas. A pesar del empuje que supuso la recuperación de Tikal, ésta no pudo hacerse con el dominio de Calakmul. Los antiguos rivales continuaban en pie, cada uno por su lado; militarmente había sido derrotada, pero el complejo sistema de alianzas impuesto por los antiguos monarcas le permitía mantener una cierta independencia.
El periodo posterior a este monarca es bastante oscuro, ya que casi no existe información para su estudio. El final de Calakmul, como superpotencia, está próximo.
A finales del Clásico Tardío, dos de los reinos “protegidos” de Calakmul, Naranjo y El Perú, son derrotados por su enemiga Tikal en los años 743 y 744 d.C. El avance de Tikal era imparable, a la vez que el desmembramiento del reino de Kaan era un hecho. La primacía de Calakmul se desvanecía por momentos; su decadencia, notable a todos los niveles, marcará estos finales del Clásico Tardío.
Los años siguientes a los grandes desastres contra Tikal, que supusieron el declive final de Calakmul, están marcados por una decadencia, descrita de forma solapada, en los registros de la urbe. Muy pocas son las referencias de tipo político que se conservan para este periodo. Aprovechando esta debilidad, algunos de los centros afiliados al reino de la cabeza de la serpiente comienzan a desarrollar una actividad independiente.
Hacia el siglo X d.C., Calakmul, igual que muchos otros grandes centros mayas, comenzó a ser abandonado, lo que posiblemente derivó en el desvanecimiento del reino de Kaan.
Cuando Alonso de Ávila, a comienzos del siglo XVI, recorre los territorios de Campeche, los centros mayas habían sido abandonados totalmente y lo único que quedaban eran utilizaciones marginales de los mismos, con algunos tipos de actividades rituales, llevadas a cabo por pequeños grupos de pobladores Cehaches, que se encontraban en los alrededores.
